Glossaire
Métagénomique.
Réponse directe
La métagénomique étudie l'ADN total extrait d'un échantillon, par exemple des crottins, du contenu digestif ou du sol, sans cultiver au préalable les organismes présents. Les séquences obtenues indiquent quels micro-organismes se trouvent là et quelles voies métaboliques leurs gènes rendent possibles en principe. La mise en culture, elle, n'atteint qu'une petite partie de cette communauté.
Deux techniques sont souvent confondues. Le séquençage d'amplicons du gène 16S répond à la question de savoir qui est présent. La métagénomique dite shotgun lit l'ensemble des gènes et montre ce dont la communauté est capable. Toutes deux mesurent une présence, pas une activité: un gène présent peut rester muet, et les résultats sont des proportions.
Chez le cheval, beaucoup de travaux reposent sur des crottins, l'accès au cæcum étant difficile sur l'animal vivant. Or les crottins reflètent surtout le côlon terminal et non le lieu de la fermentation cæcale. Chez l'humain, la même limite existe, mais le compartiment étudié se trouve nettement plus près du matériel prélevé.
Microbiote intestinalFermentation cæcaleAcides gras à chaîne courte
La lettre des preuves
Une fois par mois : nouvelles synthèses, études vérifiées et ce qui a changé dans l'état des preuves.