Glossario
Metagenomica.
Risposta diretta
La metagenomica studia il DNA totale estratto da un campione, per esempio feci, contenuto intestinale o suolo, senza coltivare in anticipo gli organismi presenti. Dalle sequenze si ricava quali microrganismi vi si trovino e quali vie metaboliche i loro geni rendano possibili in linea di principio. La coltura raggiunge invece solo una piccola parte della comunità.
Due tecniche vengono spesso confuse. Il sequenziamento degli ampliconi del gene 16S risponde alla domanda su chi sia presente. La metagenomica shotgun legge tutti i geni e mostra di che cosa la comunità sia capace. Entrambe misurano una presenza, non un'attività: un gene presente può restare silente e i risultati sono proporzioni.
Nel cavallo molti lavori si basano sulle feci, poiché l'accesso al cieco sull'animale vivo è difficile. Le feci rappresentano però soprattutto il colon distale e non il luogo della fermentazione cecale. Nell'essere umano vale lo stesso limite, ma il tratto di interesse si trova assai più vicino al materiale prelevato.
Microbiota intestinaleFermentazione cecaleAcidi grassi a catena corta
La lettera delle evidenze
Una volta al mese: nuove sintesi, studi verificati e ciò che è cambiato nello stato delle evidenze.